ในปี 2491 ภราดาฮิวเบิร์ต เจ้าคณะภราดาเซนต์คาเบรียล ได้มอบหมายให้ ภราดายอห์น แมรี่ ร่วมกับ ภราดาภักดี ทุมมกานน ขออนุญาตจัดตั้งโรงเรียน เพื่อให้บริการด้านการศึกษา แก่เยาวชนในจังหวัดฉะเชิงเทรา ซึ่งต่อมาโรงเรียนแห่งนี้เป็นที่รู้จัก ในนามของ โรงเรียนเซนต์หลุยส์ ฉะเชิงเทรา 4 มิถุนายน 2491 เป็นวันแรกเริ่มของโรงเรียนแห่งนี้ ในการทำหน้าที่สถาบันการศึกษาของท้องถิ่น ซึ่งมี ภราดายอห์น แมรี่ เป็นผู้จัดการและอธิการ โดยมี นายชลินทร์ ศรีพิจารณ์ เป็นครูใหญ่ ปฐมบทของโรงเรียนเซนต์หลุยส์ ฉะเชิงเทรา นั้น ได้เริ่มต้น โดยคณะครู 6 คน กับ นักเรียน 72 คน เปิดสอนในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 3 จนถึงชั้น มัธยมศึกษาปีที่ 3

นับตั้งแต่โรงเรียนเซนต์หลุยส์ ฉะเชิงเทรา ได้เปิดดำเนินการสอน ให้แก่บุตรหลานของชาวจังหวัดฉะเชิงเทรา คณะภราดา และคณะครู ตลอดจนเจ้าหน้าที่ ได้ทุ่มเทความตั้งใจที่จะพัฒนาโรงเรียนแห่งนี้ให้มีความพร้อมในทุก ๆ ด้าน เพื่อตอบสนองต่อความต้องการของผู้ปกครองและนักเรียนที่ ต้องการจะมีสถาบัน การศึกษาที่มีคุณภาพ ทำให้โรงเรียนแห่งนี้มีพัฒนาการที่ต่อเนื่องอยู่ตลอดเวลา

เริ่มจากปี 2495 ภายหลังจากที่ได้มีการก่อตั้งโรงเรียนได้ไม่นานนัก โรงเรียนเซนต์หลุยส์ ฉะเชิงเทรา ได้รับการรับรองวิทยฐานะจากกระทรวงศึกษาธิการ ซึ่งเป็นการยืนยันถึงมาตรฐานด้านการศึกษาของโรงเรียน และต่อมาในปีการศึกษา 2496 โรงเรียนแห่งนี้ได้มีการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญอีกครั้งในด้านภาพลักษณ์ กล่าวคือ โรงเรียนได้มีการเปลี่ยนแปลงเครื่องแต่งกายจากเดิมที่ให้นักเรียนแต่งกายด้วยเสื้อสีขาว กางเกงสีกากี มาเป็นเสื้อสีขาว กางเกง สีน้ำเงิน สวมถุงเท้าสั้นสีขาว รองเท้าสีดำ ดังเช่นปรากฏอยู่ในปัจจุบัน

อย่างไรก็ตามจากการที่โรงเรียนเซนต์หลุยส์ ฉะเชิงเทรา ได้รับความไว้วางใจจากผู้ปกครองโดยการส่งบุตร-หลานเข้ามาเรียนเป็นจำนวนมาก ทำให้จำนวนนักเรียนได้เพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว จนสถานที่ตั้งเดิมที่เคยกว้างขวางไม่อาจจะรองรับจำนวนนักเรียนที่เพิ่มขึ้นได้ ในปีการศึกษา 2498 จึงได้มีการย้ายที่ตั้งโรงเรียนมาตั้ง ณ ที่ตั้งปัจจุบัน ซึ่งมีเนื้อที่ 11 ไร่ 2 งาน 60 ตารางวา พร้อมกับการก่อสร้างอาคารเรียนหลังใหม่ ชื่อ "อาคารเซนต์หลุยส์" จากนั้น ในปีการศึกษา 2504 เป็นอีก ปีการศึกษาที่โรงเรียนเซนต์หลุยส์ ฉะเชิงเทรา ได้มีการพัฒนารูปแบบการสอนที่เด่นชัด โดย ภราดาอันโตนิโอ อธิการในขณะนั้น ได้ตัดสินใจขยายการเรียนการสอนไปจนถึง ชั้น ม.7 แผนกวิทยาศาสตร์ หรือที่คนในยุคนั้นเรียกว่า ชั้นเตรียมอุดมศึกษา และเพื่อเป็นการยกระดับการศึกษาให้มีคุณภาพสูงสุด ในปีการศึกษา 2505 ภราดาอันโตนิโอ ได้สร้างหอสมุดโดยแยกออกมาเป็นเอกเทศ เพื่อให้บริการแก่นักเรียน และในปีการศึกษา 2507 เป็นปีที่โรงเรียนได้เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้น ป1. ถึง ม.ศ. 5

ด้วยจำนวนนักเรียนที่เพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว ปีการศึกษา 2512 ภราดาอะเล็ก ซานเดอร์ จึงได้ดำเนินการสร้างอาคารเรียนหลังใหม่ เป็นตึกขนาด 3 ชั้น ยาว 28 เมตร ชื่ออาคาร "อาคารมารีย์" เพื่อรองรับการขยายตัวของโรงเรียน

ในปีการศึกษา 2518 เป็นปีที่โรงเรียนเซนต์หลุยส์ ฉะเชิงเทรา ได้มีการสร้างอาคารเรียนเพิ่มเติมสำหรับนักเรียนในระดับอนุบาล และได้สร้าง "อาคารมงฟอร์ต" ขึ้น ในสมัย ภราดาพยุง ประจงกิจ ปีการศึกษา 2522 เป็นอีกก้าวที่สำคัญของโรงเรียนในการพัฒนาระบบการศึกษาเพื่อให้สามารถตอบสนองต่อความต้องการของท้องถิ่นได้อย่างแท้จริง ในปีการศึกษานี้ โรงเรียนได้มีการขออนุญาตรับนักเรียนหญิงในชั้นอนุบาลปีที่ 1 และ 2 เพิ่มขึ้น รวมทั้งได้มีการพัฒนาสภาพภูมิทัศน์ของโรงเรียนให้มีความเหมาะสมมากขึ้น

ในปีการศึกษา 2534 เป็นปีที่ ภราดาอนุรักษ์ นิธิภัทราภรณ์ ได้เข้ามารับหน้าที่อธิการ นับเป็นยุคที่โรงเรียนเซนต์หลุยส์ ฉะเชิงเทรา ได้มีการพัฒนาการในด้านต่าง ๆ อย่างรวดเร็ว เช่น การเร่งปรับปรุงอาคารสถานที่ การก่อสร้าง “อาคารสัฐยามหาราชินี” “อาคารวันทามารี” อาคารสำหรับนักเรียนอนุบาล และ “อาคารเฉลิมพระเกียรติ” อาคารเรียน 6 ชั้น รวมถึง การพัฒนาบุคลากรในทุก ๆ ด้าน เพื่อรองรับระบบการศึกษายุคใหม่ซึ่งทำให้ เซนต์หลุยส์ในยุคนั้น เป็นยุคที่หลายคนกล่าวว่า เป็นยุคแห่งการเร่งรัดพัฒนา ซึ่งความพยายามดังกล่าวได้ส่งผลแก่โรงเรียนในปัจจุบัน ในด้านการ เป็นสถาบันการศึกษาชั้นนำของจังหวัดฉะเชิงเทรา อย่างไรก็ตามนอกเหนือจากการพัฒนาด้านระบบการเรียนการสอน และอาคารสถานที่ให้มีความทันสมัยแล้ว ในด้านพัฒนาการด้านสังคม โรงเรียนเซนต์หลุยส์ ฉะเชิงเทรา ได้มุ่งส่งเสริมกิจกรรมต่าง ๆ เพื่อที่จะพัฒนานักเรียนให้มีคุณภาพสูงสุด โดยในปีการศึกษา 2542 ได้รับรางวัลเหรียญเงินระดับประเทศจากการประกวด วงโยธวาทิตนักเรียนแห่งประเทศไทยประเภทระดับมัธยมต้นชิงถ้วย พระราชทานสมเด็จพระเทพรัตนราช สุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ครั้งที่ 4 ประจำปี 2542

ในปีการศึกษา 2543 ในปีการศึกษานี้โรงเรียนได้รับรองมาตรฐานคุณภาพการศึกษาในระดับอนุบาล ประถมศึกษา และมัธยมศึกษา นับเป็นก้าวที่สำคัญของโรงเรียนที่มุ่งสู่การดำเนินการปฏิรูปการศึกษาตาม พ.ร.บ. 2542 และตามแนวการจัดการศึกษาของคณะเซนต์คาเบรียล ในปีถัดมา คือ ปีการศึกษา 2544 มีการอบรมพัฒนาหลักสูตร ปฏิรูปการเรียนรู้ ปฏิรูปครูและจัดการเรียน การสอน และภราดามีศักดิ์ ว่องประชานุกูล ได้สร้าง "อาคารสิรินธร" เพื่อรองรับการเปิดมัธยมศึกษาตอนปลาย และในปีการศึกษา 2545 โรงเรียนได้เปิดทำการสอนในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย พร้อมทั้งได้เช่าและซื้อเพื่อขยายเนื้อที่เพิ่มเติมด้านหลังรวมเป็น 30 ไร่ 2 งาน 58 ตารางวา

ในปีการศึกษา 2546 โรงเรียนได้รับการคัดเลือกจากกระทรวงศึกษาธิการให้เป็นสถานศึกษาที่ได้รับรางวัลพระราชทาน ระดับก่อนประถมศึกษา ประจำปีการศึกษา 2545 และโรงเรียนยังได้รับประกาศเกียรติคุณ จากสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ สภานายิกาสภากาชาดไทย มีพระราชเสาวนีย์ โปรดเกล้าโปรดกระหม่อม ให้ประกาศว่า โรงเรียนเซนต์หลุยส์ ฉะเชิงเทรา เป็นสถาบันที่ให้ความร่วมมือจัดหาผู้บริจาคโลหิตเป็นหมู่คณะ เพื่อช่วยเหลือเพื่อนมนุษย์อย่างสม่ำเสมอนานกว่า 5 ปี อีกด้วย โรงเรียนได้จัดทำระบบสารสนเทศสถานศึกษาโดยใช้ชื่อว่า SWIS (School Web-based Information System) เป็น Web Application ที่ใช้เป็นเครื่องมือในการบริหารข้อมูลของโรงเรียนให้มีประสิทธิภาพและสนองต่อการปฏิรูปการศึกษา โรงเรียนได้มุ่งส่งเสริมนักเรียนที่มีความสามารถด้านดนตรี ให้มีโอกาสได้แสดงออกโดยการจัดตั้งวงโยธวาฑิต และผลปรากฏว่าได้รับรางวัลเหรียญทอง จากการประกวดวงโยธวาฑิต นักเรียน นิสิต นักศึกษา ชิงชนะเลิศแห่งประเทศไทย และชิงถ้วยพระราชทานฯ ครั้งที่ 23 ประจำปี 2547 และรางวัลเหรียญเงิน จากการประกวดวงโยธวาทิตยามาฮ่าแห่งประเทศไทย ชิงถ้วยพระราชทานฯ ครั้งที่ 8 ประจำปี 2547

ปีการศึกษา 2547 ภราดาชำนาญ เหล่ารักผล รับหน้าที่อธิการโรงเรียน ได้เกิดการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญ และการพัฒนา ในทุก ๆ ด้าน เพื่อให้โรงเรียนก้าวสู่การเป็นผู้นำด้านการศึกษา และเทคโนโลยี มีการปรับโครงสร้างการบริหาร และการบริหารการจัดการที่เป็นระบบมากยิ่งขึ้น ส่งเสริมให้นักเรียนเกิดการเรียนรู้ด้วยตนเอง รวมไปถึงการจัดการเรียนการสอน ภาษาอังกฤษ และภาษาจีน ตลอดจนด้านเทคโนโลยี โสตทัศนูปกรณ์ และอาคารสถานที่ มีการคัดสรรบุคลากรที่เป็นชาวต่างชาติที่มีความรู้ความสามารถเปรียบเสมือนเจ้าของภาษามาทำการสอนให้กับนักเรียน และมีการจัดการเรียนการสอน เป็นภาษาอังกฤษในวิชาวิทยาศาสตร์ คณิตศาสตร์ และภาษาอังกฤษ โดยครูต่างชาติร่วมกับครูไทย การปรับปรุงห้องปฏิบัติการเพื่อให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุดในการเรียนรู้ของผู้เรียน โดยการปรับเปลี่ยน ขยายห้องปฏิบัติการ จัดหาเครื่อง คอมพิวเตอร์ที่ทันสมัย ติดตั้งโทรทัศน์วงจรปิดตามห้องเรียน และมีสื่อเทคโนโลยีที่ครบครัน เพื่อใช้ประกอบการเรียนการสอน มีห้องมัลติมีเดียรวมถึงเครื่องทัศนูปกรณ์อื่น ๆ ที่ทันสมัย การส่งเสริมพัฒนาบุคลากรในด้านเทคโนโลยี เพื่อให้สอดคล้องกับเทคโนโลยีที่ก้าวไกล ตลอดจนมีการพัฒนาอาคารสถานที่อย่างต่อเนื่อง มีการปรับสภาพภูมิทัศน์ของโรงเรียนให้ร่มรื่น สวยงาม และมีสิ่งอำนวยความสะดวกให้กับผู้ปกครอง และนักเรียน

ปีการศึกษา 2548 โรงเรียนได้ผ่านการคัดสรรผลงาน และได้รับรางวัลเหรียญเงิน จากการจัดการเรียนรู้แบบธุดงคศึกษา ของสำนักงานเลขาธิการ คุรุสภา เพื่อสนับสนุนให้เกิดการขับเคลื่อนงานปฏิรูปการเรียนรู้อย่างต่อเนื่อง เสริมสร้างให้ผู้เรียน ครู ตลอดจนผู้เกี่ยวข้องได้ใช้กระบวนการคิดและทักษะในการพัฒนาผลงานที่มีคุณภาพ ผ่านการประเมินตาม มาตรฐานคุณภาพการศึกษาของมูลนิธิคณะเซนต์ คาเบรียลฯ ปีการศึกษา 2547 – 2549 และการตรวจประเมินคุณภาพภายนอก จากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษาตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ.2542

ปีการศึกษา 2549 ได้ก่อสร้างอาคาร “ศูนย์การเรียนรู้ยอห์น แมรี่” อาคาร 4 ชั้น

ปีการศึกษา 2550 ภราดามณฑล ประทุมราช ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ ผู้จัดการและผู้แทนผู้รับใบอนุญาต มุ่งเน้นนโยบายประหยัด เพิ่มคุณภาพการศึกษา ปฏิบัติงานเป็นทีม และเปิดโรงเรียนสู่ชุมชน นอกจากนี้ยังได้ปรับปรุงโครงสร้างการบริหารโรงเรียนให้สอดคล้องกับนโยบายของโรงเรียน ได้ดำเนินการอย่างต่อเนื่องเกี่ยวกับการก่อสร้างและตกแต่งภายในอาคาร “ศูนย์การเรียนรู้ยอห์น แมรี่” ซึ่งเป็นอาคารอเนกประสงค์ จำนวน 4 ชั้น มีพื้นที่ใช้สอยรวม 6,062 ตารางเมตร ประกอบด้วยห้องประชุมขนาดใหญ่ขนาด 900 -1,000 ที่นั่ง สำหรับรองรับการจัดงานและกิจกรรมต่าง ๆ รวมไปถึงการเล่นกีฬาในร่มได้ ห้องประชุมย่อยขนาด 300 ที่นั่ง ห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์ ห้องออกกำลังกาย ลานจัดนิทรรศการ โรงอาหารขนาดใหญ่ให้ทันสมัยถูกสุขลักษณะ และห้องสมุดที่ทันสมัย จัดสร้างห้องเกียรติยศ เพื่อเก็บรวบรวมผลงานต่าง ๆ ของโรงเรียนไว้เป็นสัดส่วน ณ ชั้นสอง อาคารศูนย์การเรียนรู้ยอห์น แมรี่ จัดสร้างหลังคาสระว่ายน้ำ เพื่อกันแดด - ฝนให้กับผู้ที่มาใช้บริการ จัดทำคู่มือครู เพื่อใช้ในการปฏิบัติงาน มุ่งเน้นเรื่องระเบียบและความมีวินัย ความสะอาด และลงนามในสัญญาซื้อขายที่ดินเช่าจาก คุณลัดดา – คุณบำรุง ศรีคชา มาเป็นกรรมสิทธิ์ของโรงเรียน จำนวน 17 ไร่ เป็นเงิน 17.5 ล้านบาท

ปีการศึกษา 2551 โรงเรียนได้จัดให้มีพิธีเสกอาคาร “ศูนย์การเรียนรู้ยอห์น แมรี่” โดยได้รับเกียรติจากพระคาร์ดินัล ไมเกิ้ล มีชัย กิจบุญชู ประมุขอัครสังฆมณฑลกรุงเทพ มาเป็นประธานในพิธี เมื่อวันที่ 4 มิถุนายน 2551 ซึ่งตรงกับวันฉลองครบรอบ 60 ปีแห่งการก่อตั้งโรงเรียน อีกทั้งยังได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาสยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินเปิดอาคาร “สิรินธรและศูนย์การเรียนรู้ยอห์น แมรี่” เมื่อวันที่ 4 สิงหาคม 2551 นำความปลื้มปิติยินดีมาสู่ชาวเซนต์หลุยส์ เป็นอย่างยิ่ง นอกจากนี้ได้มีการปรับปรุงภูมิทัศน์โดยรอบโรงเรียนให้ร่มรื่น สะอาดและสวยงามยิ่งขึ้น จัดทาสีอาคารทุกอาคารให้ดูเด่นเป็นสง่า จัดทำและติดตั้งป้ายบอกทางไปยังสถานที่ต่าง ๆ ภายในโรงเรียนทั้งภาษาไทยและอังกฤษ เพื่อให้ผู้มาติดต่อกับทางโรงเรียนได้ใช้บริการสะดวกขึ้น จัดทำและติดตั้งป้ายสุภาษิต – คำคม ทั้งภาษาไทย และอังกฤษ ตามอาคาร เพื่อเป็นแหล่งความรู้ให้แก่นักเรียนทุกคน และในปีนี้โรงเรียนได้ผ่านการประกันคุณภาพและรับรอง มาตรฐานการศึกษา รอบ 2 ประเภทสามัญศึกษา ระดับการศึกษาปฐมวัยศึกษา ประถมศึกษา และมัธยมศึกษา จากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.) นับเป็นก้าวที่สำคัญของโรงเรียน ที่มุ่งสู่การปฏิรูปการศึกษา ตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 และที่แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2545 และตามแนวการจัดการศึกษา เซนต์คาเบรียล พร้อมทั้งได้ส่งโรงเรียนเข้ารับการประเมินเพื่อขอรับรางวัลพระราชทาน ประเภทการศึกษาปฐมวัย ขนาดใหญ่ เพื่อเป็นการพัฒนาโรงเรียนอย่างต่อเนื่องต่อไป

ปีการศึกษา 2552 โรงเรียนได้จัดพิธีสหบูชามิสซาขอบพระคุณ เนื่องในโอกาสวันคล้ายวันสถาปนาโรงเรียน โดย พระสังฆราชลอเรนซ์ เทียนชัย สมานจิต ประมุขสังฆมณฑลจันทบุรี ได้ให้เกียรติเป็นประธานในพิธี เมื่อวันที่ 4 มิถุนายน 2552 ซึ่งเป็นวันครบรอบ 61 ปีแห่งการก่อตั้งโรงเรียน เพื่อเป็นสิริมงคลแก่คณะภราดา คณะครู ผู้ปกครอง  และศิษย์เก่า  อีกทั้งโรงเรียนยังได้รับรางวัลสถานศึกษาพระราชทาน ระดับก่อนประถมศึกษา ขนาดใหญ่ ประจำปีการศึกษา 2551 ซึ่งถือเป็นรางวัลเกียรติยศสูงสุดที่สถานศึกษาได้รับ เพราะเป็นรางวัลที่แสดงถึงคุณภาพและมาตรฐานโดยรวมของโรงเรียน  โดย ภราดามณฑล ประทุมราช ผู้อำนวยการฯ ได้เข้าเฝ้ารับรางวัลพระราชทานจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ  สยามบรมราชกุมารี  เมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม 2552 ณ ศาลาดุสิดาลัย สวนจิตรลดา  และจัดงานฉลองรางวัล โรงเรียนพระราชทาน ในวันที่ 28 กรกฎาคม 2552  โดยมีพิธีแห่ อัญเชิญเกียรติบัตรในช่วงเช้าและงานเลี้ยงแสดงความยินดีในช่วงเย็น ซึ่งรางวัลสถานศึกษาพระราชทานฯ ที่ได้รับ ส่งผลให้ผู้อำนวยการโรงเรียนได้รับเกียรติบัตรเชิดชูเกียรติ ในฐานะเป็นผู้บริหารที่พัฒนาสถานศึกษาจนได้รับรางวัลพระราชทานจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน นอกจากนี้ได้มีการปรับปรุงภูมิทัศน์บริเวณโรงเรียนให้เกิดประโยชน์สูงสุด เพื่อเป็นแหล่งการเรียนรู้ของนักเรียน โดยจัดสร้างสวนนกเซนต์หลุยส์ ซึ่งมีนกหลากหลายชนิดให้นักเรียนศึกษาหาความรู้ จัดทำป้ายแหล่งการเรียนรู้บริเวณริมแม่น้ำ สร้างศาลาการเรียนรู้ของแต่ละกลุ่มสาระการเรียนรู้ ฯ สวนวรรณคดี และจัดสวนหย่อมรอบบริเวณโรงเรียนให้สวยงาม อีกทั้งได้ติดตั้งกระดานอัจฉริยะ ซึ่งเป็นสื่อการสอนที่ทันสมัยมาใช้ในการจัดการเรียนการสอน เพื่อให้ครูและนักเรียนเกิดการเรียนรู้แบบใหม่ ๆ เป็นการพัฒนาอย่างต่อเนื่อง พร้อมทั้งได้รับรางวัลสถานศึกษาพระราชทานประเภทประถมศึกษา ขนาดใหญ่ ปีการศึกษา 2552 อันเป็นสถานศึกษาที่ได้รับรางวัลพระราชทานติดต่อกัน 2 ปี

ปีการศึกษา 2553 โรงเรียนได้จัดพิธีสหบูชามิสซาขอบพระคุณ เนื่องในโอกาสวันคล้ายวันสถาปนาโรงเรียน ในวันที่ 4 มิถุนายน 2553 ซึ่งเป็นวันครบรอบ 62 ปี แห่งการก่อตั้งโรงเรียน โดย ฯพณฯ พระสังฆราช สิริพงษ์ จรัสศรี ประมุขแห่งสังฆมณฑลจันทบุรี ได้ให้เกียรติเป็นประธานในพิธี เพื่อเป็นสิริมงคลแก่คณะภราดา คณะครู ผู้ปกครอง และศิษย์เก่า และในปีนี้โรงเรียนยัง ได้รับรางวัลสถานศึกษาพระราชทาน ระดับประถมศึกษา ขนาดใหญ่ ประจำปีการศึกษา 2552 ซึ่งถือเป็นรางวัลเกียรติยศสูงสุดที่สถานศึกษาทุกแห่งมุ่งมั่น และปรารถนาที่จะได้รับ เพราะเป็นรางวัลที่แสดงถึงคุณภาพและมาตรฐาน โดยรวมของโรงเรียน โดยผู้อำนวยการได้เข้าเฝ้าฯ เพื่อเข้ารับรางวัลพระราชทานจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม 2553 ณ ศาลาดุสิดาลัย สวนจิตรลดา ซึ่งในปีนี้ถือเป็นปีที่ 2 ที่โรงเรียนได้รับคัดเลือกจากกระทวงศึกษาธิการให้เป็นสถานศึกษาที่ได้รับรางวัลพระทาน 2 ปีติดต่อกันโดยมีพิธีแห่อัญเชิญเกียรติบัตรในวันที่ 13 กรกฎาคม 2553 และจัดงานเลี้ยงฉลองโรงเรียนรางวัลพระราชทานระดับก่อน ประถมศึกษาขนาดใหญ่ ประจำปีการศึกษา 2551 และระดับประถมศึกษาขนาดใหญ่ ประจำปีการศึกษา 2552 ขึ้น ในวันที่ 6 พฤศจิกายน 2553 เพื่อเชิดชูเกียรติของโรงเรียนและเป็นการเฉลิมฉลอง "ผลงานและความดี สมศักดิ์ศรี รางวัลพระราชทาน" นอกจากนี้ได้ปรับภูมิทัศน์โดยรอบบริเวณโรงเรียนให้ร่มรื่น สะอาดสวยงาม ปรับปรุงเพิ่มเติมแหล่งการเรียนรู้ จัดทำและติดตั้งป้ายสุภาษิต – คำคม ทั้งภาษาไทย และอังกฤษ ตามอาคาร เพื่อเป็นแหล่งความรู้ ให้แก่นักเรียนทุกคน และปรับเปลี่ยนหลักสูตรขั้นพื้นฐาน ปีการศึกษา 2544 เป็นหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน ปีการศึกษา 2551 อีกทั้งได้ติดตั้งกระดานอัจฉริยะในระดับชั้นมัธยมศึกษาทุกห้องเรียนเพื่อใช้ในการจัดการ เรียนการสอน ปรับปรุงระบบเสียงตามสายภายในโรงเรียนให้มีคุณภาพมากยิ่งขึ้น และเริ่มการก่อสร้างบ้านพักภราดาโรงเรียนเซนต์หลุยส์ ฉะเชิงเทรา พร้อมทั้งได้ส่งโรงเรียนเข้ารับการประเมินเพื่อขอรับรางวัลพระราชทาน ประเภทมัธยมศึกษาขนาดใหญ่ เพื่อเป็นการพัฒนาโรงเรียนอย่างต่อเนื่อง

ปัจจุบันโรงเรียนเซนต์หลุยส์ ฉะเชิงเทรา ตั้งอยู่ที่ 128 ถนนศุภกิจ ตำบลหน้าเมือง อำเภอเมือง จังหวัดฉะเชิงเทรา สังกัดสำนักบริหารงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน เขตพื้นที่การศึกษา ฉะเชิงเทรา เขต 1 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นการศึกษาปฐมวัยปีที่ 1 ถึง ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 บนเนื้อที่ 19 ไร่ 3 งาน 23 ตารางวา มีนักเรียนทั้งหมด 3,850 คน ระดับก่อนประถมศึกษา จำนวน 632 คน ระดับประถมศึกษา จำนวน 1,566 คน ระดับมัธยมศึกษา จำนวน 1,652 คน และคณะครูทั้งหมด 267 คน ครูชาย จำนวน 56 คน ครูหญิง จำนวน 211คน มีอาคารเรียนและอาคารประกอบการทั้งหมด 12 อาคาร จัดเป็นห้องเรียน ห้องสมุด ห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์ ห้องวิทยาศาสตร์ ห้องประชุม ห้องพยาบาล ห้องพักครู โรงอาหาร อาคารพลศึกษา สนามกีฬา และอื่น ๆ