ในสมัยภราดาอนุรักษ์  นิธิภัทราภรณ์  ได้มาดำรงตำแหน่งอธิการโรงเรียนเซนต์หลุยส์  มีการสร้างความสัมพันธ์อันดีระหว่างโรงเรียนกับผู้ปกครอง  โดยร่วมมือกับผู้ปกครองนักเรียนจัดตั้งชมรมผู้ปกครองและครูโรงเรียนเซนต์หลุยส์ขึ้น  เพื่อประสานงานระหว่างผู้ปกครองกับโรงเรียน  ในการบริหารงานของชมรมฯ  มีคุณจตุพร  ผดุงเจริญ  ผู้ปกครองนักเรียนเป็นประธานชมรม  ร่วมกับคณะกรรมการชมรม  ซึ่งประกอบด้วยผู้ปกครองนักเรียน   เข้ามามีบทบาทมีส่วนร่วมในการจัดการศึกษาร่วมกับทางโรงเรียน  ได้พัฒนาชมรมผู้ปกครองและครูมาโดยตลอด  จนกระทั่งในสมัยที่ภราดามีศักดิ์  ว่องประชานุกูล  ได้มาดำรงตำแหน่งอธิการโรงเรียนเซนต์หลุยส์  จึงได้ร่วมมือกับคณะกรรมการชมรมผู้ปกครองและครูฯ  ก่อตั้งสมาคมผู้ปกครองและครูโรงเรียนเซนต์หลุยส์ขึ้น ได้ปรับเปลี่ยนชื่อจาก “ชมรมผู้ปกครองและครูโรงเรียนเซนต์หลุยส์”  มาเป็น “สมาคมผู้ปกครองและครูโรงเรียนเซนต์หลุยส์”  มีการจัดทำข้อบังคับของสมาคมผู้ปกครองและครูฯขึ้นในปีการศึกษา  2542  พร้อมทั้งจดทะเบียนสมาคมผู้ปกครองและครูโรงเรียนเซนต์หลุยส์  เมื่อวันที่  30  เมษายน  2542  เป็นต้นมา